Ge在蛋白質(zhì)的相互作用的研究中，采用了一種通用的蛋白質(zhì)芯片系統(tǒng)，該系統(tǒng)敏感有效，用途廣泛，可定量測定及重復(fù)使用，而且操作簡易。Gavin等應(yīng)用蛋白芯片技術(shù)觀察代謝過程有關(guān)作用物和酶的相互作用關(guān)系。他們選擇3對蛋白激酶與作用物系統(tǒng)，即依賴3，，5，—磷酸蛋白激酶—Kemptide；酪蛋白激酶Ⅱ—蛋白質(zhì)磷酸酶抑制因子2和p42促有絲分裂劑激活蛋白（MAP）激酶（ErK2）—ElKl，首先將各系統(tǒng)的作用物按順序固定于3張BSA-NHS玻片上，分別在有核素7-s’PATP的環(huán)境中與不同蛋白激酶溫浴，然后，玻片經(jīng)用乳劑處理后可在光學(xué)顯微鏡下觀察到各種蛋白激酶催化特異的作用物產(chǎn)生磷酸化反應(yīng)。其結(jié)果提示蛋白芯片技術(shù)可以應(yīng)用于作用物與酶相互作用的研究及代謝機(jī)制的分析。

Gavin等還在蛋白芯片技術(shù)研究過程通過DIG、生物素和合成的六氫毗喧酮胺（即APl497）等3種具有對應(yīng)的蛋白受體的小分子特質(zhì)，研究蛋白的受體蛋白按順序固定的相互作用。他們首先將3種小分子物質(zhì)的受體蛋白按順序固定于同一載體上并制備成相同的4張蛋白芯片，將BSA分別用不同的熒光物質(zhì)（Alexa488、Cy3或Cy5）標(biāo)記，并分別與DIC、生物素和AP 1 497等3種小分子物質(zhì)結(jié)合成為探針，用每一種具有不同熒光標(biāo)記的探針作用的芯片，結(jié)果只有能與小分子對應(yīng)的受體蛋白被標(biāo)上熒光。上述結(jié)果說明使用的熒光劑之間沒有交叉的熒光激發(fā)和發(fā)光作用。因此，將3種標(biāo)記探針混合后作用于蛋白芯片，則可使3種不同的受體蛋白同時標(biāo)記上不同的熒光。研究結(jié)果提示蛋白芯片技術(shù)對于新藥的發(fā)掘是十分有用的，因?yàn)樗鼘ふ倚滤幾饔玫陌悬c(diǎn)非常方便。

雖然目前已經(jīng)成功地制出了第1張具有高通量分析平臺作用的蛋白芯片，通過適當(dāng)?shù)募夹g(shù)處理可以使點(diǎn)樣蛋白保持天然的構(gòu)象和生物學(xué)活性。但是，利用蛋白芯片技術(shù)對于蛋白質(zhì)功能的研究仍然存在著種種問題，例如目前大多數(shù)來自于cDNA文庫的克隆體系不能通過正確的閱讀框架編碼蛋白質(zhì)；或者不能正確表達(dá)產(chǎn)生具有氨基酸全序列的蛋白分子；通過細(xì)菌表達(dá)的蛋白質(zhì)不能形成正常的空間構(gòu)象等，都將直接影響有關(guān)蛋白質(zhì)功能的研究。另外，為了方便種類繁多的蛋白質(zhì)的功能檢測和分析，通過不同途徑或方式獲取并用于制作蛋白芯片的蛋白質(zhì)必須首先經(jīng)過純化。正常和異常情況下蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)之間的相互作用的差別都需要我們進(jìn)一步去探索。
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