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1.用無(wú)菌塑料吸嘴挑取一個(gè)AmpR噬菌粒菌落(直徑大約lmm)并將其轉(zhuǎn)入到0.2ml MicroAmp反應(yīng)管中, 內(nèi)含20u1洗脫緩沖液。在GeneAmp9600 PCR儀中,95℃加熱樣本10分鐘(避免用離心澄清,因?yàn)榧訜峥墒辜?xì)胞碎片黏附在管底)。
2.將菌落提取物作為該克隆的主拷貝保存。另外,這些菌落也可以直接轉(zhuǎn)移到PCR反應(yīng)體系中,并在PCR程序中插入加熱步驟。此時(shí),可將克隆主拷貝穿刺接種到在用UV滅菌并鋪有LB—瓊脂培養(yǎng)基+Amp的微板孔中。
3.配置PCR反應(yīng)體系:將3ul菌落提取物加入到一個(gè)0.2ml MicroAmpTM反應(yīng)管中;反應(yīng)管包含150nmol/L正鏈引物和反鏈引物、50mmol/L dNTP、0.5%NP-40、Taq緩沖液和1ul AmpllTag DNA聚合酶,終體積為50ul。按以下程序運(yùn)行PCR反應(yīng):94℃10秒、60℃10秒、72℃10秒,共循環(huán)30次。
4.在SilentMonitor膜底微板的各孔中,裝入Sephacril“S-300的水性懸液,使每孔中含有400ul穩(wěn)定床體積介質(zhì)。用真空過(guò)濾器在板底形成真空狀態(tài),
5.吸取各個(gè)克隆PCR擴(kuò)增產(chǎn)物并加入到含有已抽干的Sephacril孔中。真空抽吸收集96孔板中的濾液(PCR擴(kuò)增模板的大小決定了采用何種凝膠過(guò)濾介質(zhì):我們發(fā)現(xiàn),Sephacril S-300對(duì)分離我們的300bpPCR擴(kuò)增片段效果*。按照上述流程,無(wú)論樣本的處理或收集均比使用商業(yè)供應(yīng)的裝入微量離心管的旋轉(zhuǎn)柱更加容易和快速,還節(jié)省材料成本)。
6.用已純化的PCR產(chǎn)物,按照標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)方案進(jìn)行測(cè)序。